印尼专线是东盟物流成本最高的国家，政府亟需採取行动来改善印尼专线的物流系统，一般来说，一个国家的物流成本不应超过国内生产总值的15%，而印尼专线物流成本占国内生产总值的25%-30%，分别比泰国和新加坡高出16%和10%，明显处于竞争劣势。由于印尼专线物流成本的原因，印尼的一些本地产品甚至比从国外进口的同类产品贵。可以说，印尼专线物流成本是印尼经济发展必须跨越的障碍。

除了印尼特殊的地理条件外，政府效率低下也是印尼专线物流成本居高不下的主要原因之一。根据世界银行2010年公布的物流绩效指数（LPI），印尼在所调查的155个国家中排名第75位，低于马来西亚（29位）、泰国（35位）、菲律宾（44位）和越南（53位），在东部联盟主要国家中排名最后。该指数根据基础设施状况、通关效率、装运期限和运输物流服务质量来评价各国的物流状况，其中通关效率和透明度是印尼专线物流的主要问题。印尼平均需要5.5天的时间将货物运出港口，而新加坡只需要1到2天，这大大增加了印尼产品的运输成本。

如果印尼政府不努力解决这个问题，就将无法面对激烈的竞争。为此，佐科总统制定了许多政策来解决这一问题，包括提高进出口许可证的效率，促进保税物流中心的建设，以及通过定期印尼专线促进印尼国内货物的流通。

印尼专线物流总运量的60%是海运，因此降低印尼专线物流成本的关键是建设更多的港口。在《2011-2025年中长期经济发展规划》（mp3ei）中，印尼政府计划投资约130亿美元，在2025年前扩建29个国际港口，扩建航运和物流系统，提高物流供应系统效率，增加运输能力，提高港口管理和服务能力，降低印尼专线物流成本，提高竞争力。